Um dos aspectos mais perturbadores da história das religiões está nas manifestações colectivas de fundamentalismo religioso, em regra associadas a atitudes de fanatismo e muitas vezes também ligadas a processos de radicalismo político, com o envolvimento activo dos poderes políticos que, dotados de capacidade coactiva, foram por isso causa de actos de violência e de opressão cívica. Dá que pensar porque razão e de que modo o compromisso religioso, vocacionado apenas para o aperfeiçoamento do homem, pode ter dado origem à cultura e à prática da exclusão e da perseguição e porque motivo esta atingiu por vezes níveis extremos. Há quem use estes factos para desprezar a religião e atacar Deus, mas, como veremos, são os homens, nos mais variados quadrantes, os únicos responsáveis pelo fundamentalismo religioso, porque em tais situações perverteram e adulteraram os ideais religiosos, quase sempre por ambição do poder e mau entendimento do seu exercício.Actualmente é mais frequente e apresenta maior visibilidade e por vezes considerável dramatismo o fundamentalismo de grupos muçulmanos, o que nos pode fazer recordar o facto, que muitas vezes é omitido, de a religião muçulmana se ter expandido no período inicial (a partir do século VII) praticamente pela força da espada e não pela pregação. No entanto, nos nossos dias o fundamentalismo religioso também já tem ocorrido, embora esporadicamente e de forma localizada, entre grupos que seguem formas extremas do hinduísmo ou entre determinadas correntes ultra-ortodoxas do judaísmo.
No entanto, há também abundantes e perturbadores exemplos históricos de práticas de fundamentalismo no âmbito do cristianismo, em que certas atitudes de intolerância persecutória se manifestaram praticamente desde o século V, primeiro contra o que restava do paganismo, depois contra grupos de hereges cristãos, de judeus e de muçulmanos, quanto a estes em especial no âmbito da reconquista na Península Ibérica e no decurso das cruzadas (ver aqui). Depois da grave fractura religiosa que no século XVI deu origem à Reforma, houve frequentes e duras manifestações de intolerância por parte dos protestantes contra os católicos, inclusivamente com restrições nos seus direitos civis, e dos católicos contra os protestantes, em especial nos períodos em que houve intervenção activa da Inquisição.
